SEDE BOGOTA DNSAV

cap. 2 alineamiento

MATRIZ BLOSUM

La matriz "BLOcks SUbstitution" fue propuesta por Steven Henikoff and Jorja G. Henikoff en el año de 1992, fue creada a partir de un estudio sobre bloques conservados.

Procedimiento para la construcción de una matriz Blosum:

Se inicia con segementos (bloques) conservados de secuencias:

Alinear las secuencias sin permiter la presencia de huecos.

Establecer el número de aminoácidos alineados por pares (f_ij).
La frecuencia observada de cada para de aminoácidos (q_ij) es el cociente entre el valor de f_ij y el número total de pares aminoácidos (esto incluye los pare i=j, es decir los casos en los que no se presenta sustitución).
La frecuencia esperada de un par de aminoácidos es el producto de las frecuencias de cada aminoácidos en el conjunto de datos.
Las secuencias de un bloque son agrupadas según unos umbrales de similiaridad, por ejemplo si se utiliza un 80% de similaridad se contruye una matriz Blosum80.

como ejemplo de una matriz Blosum se tiene la matriz Blosum62:

MATRIZ BLOSUM62

A Ala  4 
R Arg -1   5 
N Asn -2   0   6 
D Asp -2  -2   1   6 
C Cys  0  -3  -3  -3   9 
Q Gln -1   1   0   0  -3   5 
E Glu -1   0   0   2  -4   2   5 
G Gly  0  -2   0  -1  -3  -2  -2   6 
H His -2   0   1  -1  -3   0   0  -2   8 
I Ile -1  -3  -3  -3  -1  -3  -3  -4  -3   4 
L Leu -1  -2  -3  -4  -1  -2  -3  -4  -3   2   4 
K Lys -1   2   0  -1  -3   1   1  -2  -1  -3  -2   5  
M Met -1  -1  -2  -3  -1   0  -2  -3  -2   1   2  -1   5 
F Phe -2  -3  -3  -3  -2  -3  -3  -3  -1   0   0  -3   0   6 
P Pro -1  -2  -2  -1  -3  -1  -1  -2  -2  -3  -3  -1  -2  -4   7 
S Ser  1  -1   1   0  -1   0   0   0  -1  -2  -2   0  -1  -2  -1   4 
T Thr  0  -1   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -2  -1   1   5 
W Trp -3  -3  -4  -4  -2  -2  -3  -2  -2  -3  -2  -3  -1   1  -4  -3  -2  11 
Y Tyr -2  -2  -2  -3  -2  -1  -2  -3   2  -1  -1  -2  -1   3  -3  -2  -2   2   7
V Val  0  -3  -3  -3  -1  -2  -2  -3  -3   3   1  -2   1  -1  -2  -2   0  -3  -1  4
     Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
      A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V

Referencias:

Steven Henikoff and Jorja G. Henikoff (1992). Amino acid substitution
matrices from protein blocks. Proc. Natl. Acad. Sci. 89: 10915-10919.