El agente infeccioso es el mycrobacterium leprae o bacilo de "Hansen" el cual tiene un diámetro de 0,3 a 0,5 micras, longitud 4 a 5 micras esta curvado ligeramente en uno de los extremos y conforma aglomerados (globias) el cual le permite resistir los embates del sistema inmunológico. Posee características tintoriales, ya que una vez coloreado por la fuscina resiste a la decoloración de ácido sulfúrico 5 % o alcohol, denominándose a esta propiedad Niehl Neelsen (ZN +); El bacilo tiene un tiempo de duplicación o generación bacilar entre 12 y 14 días. En razón del largo periodo de incubación es difícil el cultivo empleando métodos convencionales; en centros de investigación el bacilo se cultiva en armadillos de 7, 9 y 11 bandas.

La enfermedad es exclusiva del ser humano y se transmite en convivencia prolongada de persona a persona a través de las vías aéreas o por abrasiones cutáneas, siendo el primer mecanismo el mas importante.

En los pacientes el bacilo se encuentra en las lágrimas, orina, heces, sin tener algún papel en la transmisión. Aunque el bacilo es hallado en la leche de las madres afectadas no implica la prohibición de la lactación debido a que los factores inmunológicos de la leche protegen contra la enfermedad.

El período de incubación es de 3 a 5 años. El bacilo es transmitido y penetra a través de las vías aéreas superiores o heridas cutáneas y es atacado y destruido por los polimorfonucleares neutrófilos; Si logra evadir este mecanismo defensivo, el bacilo es fagocitado por los macrófagos o células de Langerhans, atravesando las paredes de los endotelios, llegando a los vasos y ganglios linfáticos donde los macrófagos presentan los antígenos a los linfocitos T4 o T8 determinando la forma de enfermedad leprótica.

Este complejo bacilo- macrófago se aloja en la piel y/o mucosa en donde las bajas temperaturas y tolerancia inmunológica habilitan el desarrollo de la enfermedad.

En la piel el complejo bacilo dentro del macrófago se localiza en la unión dermoepidérmica, folículo piloso, glándula sebácea, músculo pilo erector, glándulas sudoríparas, alrededor de los vasos sanguíneos y nervios. Dependiendo del mecanismo inmunogenético, el huésped finalmente determinará la forma de la enfermedad (polos), ya sea Hiperérgica o Anérgica.